La expansión de esta especie acuática supone una seria amenaza ambiental porque desplaza a la vegetación autóctona, reduce el oxígeno disponible en el agua y altera el equilibrio ecológico de las zonas húmedas.

En 2024, la Confederación Hidrográfica del Guadiana presentó la solicitud para iniciar la tramitación del procedimiento para llevar a cabo una intervención centrada en la erradicación del nenúfar mexicano en la cuenca del Guadiana.