La Junta de Extremadura insiste en reclamar la deuda generada por el Estado antes del traspaso de las competencias sanitarias. Según el Gobierno regional, estima argumentos jurídicos suficientes para insistir y perseverar en que la comunidad autónoma reciba una compensación por los gastos asumidos antes del traspaso de las competencias sanitarias. Así lo ha manifestado el consejero de Administración Pública y Hacienda, Ángel Franco, en su comparecencia a petición propia ante la Comisión de Hacienda y Presupuestos de la Junta de Extremadura.

La Junta aceptó las transferencias de las competencias en materia de asistencia sanitaria creyendo en la lealtad institucional que siempre ha regido las relaciones con la Administración General, no poniendo en duda la devolución de los gastos. De hecho en el párrafo 3 del Real Decreto queda plasmado que "el cierre del sistema de financiación de la asistencia sanitaria para el periodo 1998-2001 será asumido por la Administración General del Estado".

A comienzos de 2004, la Junta de Extremadura reclamó el abono de 33,8 millones de euros al Consejo de Ministros y éste comunicó en una nota sin firmar del Ministerio de Hacienda, que del importe total solicitado era, según su criterio exigible a la Administración General del Estado, 9,1 millones de euros, aparte de la factura farmacéutica.

El Gobierno extremeño, insatisfecho, inició las actuaciones judiciales contencioso-administrativas, relativas a la reclamación inicial y habiendo transcurrido el plazo preceptivo sin haberse producido resolución expresa se entendió estimada la solicitud, y se procedió a solicitar el abono de la cantidad demandada, según ha explicado Franco en la Asamblea de Extremadura.

Todas las comunidades autónomas, excepto Madrid, Baleares y Cantabria, efectuaron la reclamación, remitiéndolas a la Audiencia Nacional o al Tribunal Supremo ya que el Decreto de Transferencias no especifica qué organismo es el responsable. La reclamación de la Comunidad Autónoma de Extremadura no fue favorable alegando defectos formales. Es decir, ninguna sentencia entró a juzgar el fondo del asunto, lo que ha permitido continuar la reclamación.

El consejero de Administración Pública y Hacienda ha recordado que la Junta de Extremadura formuló de nuevo la reclamación, ante la Intervención General de la Seguridad Social, y ante el Instituto Nacional de Gestión Sanitaria, INGESA. La Intervención General, como ya pensaba la Junta, declinó su competencia, e INGESA desestimó la reclamación argumentando que se trataba de un asunto que ya había sido juzgado, que las cantidades reclamadas habían prescrito y que la reclamación de los pagos no efectuados por el, entonces, INSALUD, debían efectuarse a la propia Comunidad Autónoma.

La Junta de Extremadura rebate estos argumentos y está convencida de que tiene una razón incontrovertible sobre el fondo de la cuestión, es decir, sobre la existencia de una deuda real de la Administración General del Estado a esta comunidad autónoma. Esta opinión aun es más firme tras el análisis de las distintas sentencias que sobre la misma cuestión se han producido hasta este momento para otras Comunidades Autónomas como las de Murcia, Aragón o la de Castilla y León, reclamación esta última que se planteó en los mismos términos que la extremeña. Extremadura acata la sentencia dictada por el Tribunal Supremo, pero ni la comprende ni la comparte por los fundamentos contradictorios utilizados.